建设工程案件执行具有标的大、执行期限长、执行环节多等特点。建设工程合同纠纷的处理方式主要有以下几种： 

1、 调解：建设工程合同纠纷在进入诉讼或仲裁程序之前，双方可参照本指引的规定在合同中约定或合同签订后共同选择调解人进行调解，以达到快捷、高效、低成本地解决纠纷。 
2、 诉讼：建设工程合同双方均可在发生争议时选择向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，律师会通过分析研究案件资料，明确法律关系，确定适格诉讼主体、诉讼管辖地、可行的诉讼请求，审查诉讼时效，最大限度地维护当事人的合法权益。 
3、 仲裁：建设工程合同双方在发生争议时，也可以选择仲裁的方式解决纠纷。